GKI Kranggan berdiri berawal dari pergumulan Majelis Jemaat GKI Pondok Melati (dhi. Pondok Gede/Raya Hankam) pada tahun 1995 untuk dapat melayani kebutuhan peribadatan anggota jemaat dan warga Kristiani yang ada di sekitar Kranggan. Hal itu diwujudkan dengan menggunakan rumah di salah satu keluarga di perumahan Kranggan Permai. Peribadatan tersebut merupakan bagian dari pelayanan GKI yang pertama kali diadakan di wilayah Kranggan yang selanjutnya disebut sebagai Pos Persekutuan Kesaksian dan Pelayanan (PKP) Kranggan. Mengantisipasi pertumbuhan serta perkembangan jemaat, Pos PKP mengontrak sebuah RUKO (Rumah Toko) di Kompleks Kranggan Permai.
Melalui perlawatan Badan Pekerja Majelis Klasis Jakarta Selatan, maka pada tanggal 14 Juli 2001, PMK Jakarta Selatan memutuskan untuk meningkatkan status Pos PKP Kranggan menjadi Bakal Jemaat GKI Kranggan. Pada tanggal 14 Agustus 2002, Bajem GKI Kranggan melakukan kebaktian peletakan batu pertama pembangunan rumah peribadatan Bajem GKI Kranggan di lahan Ruko Blok RT 12 No. 10 yang dipimpin oleh Pdt. Ciptomartalu Sapangi S.Th. Kebaktian pertama di Ruko yang baru ini dilakukan pada tanggal 2 Februari 2003.
Berdasarkan pelawatan dan Persidangan Majelis Klasis Jakarta Selatan yang ke-8 tanggal 23 Juli 2005, diputuskan untuk meningkatkan status Bajem GKI Kranggan menjadi GKI Kranggan. GKI Kranggan merupakan jemaat yang ke-94 di lingkup GKI SW Jabar.
Mengantisipasi perkembangan Jemaat dan Simpatisan yang cukup pesat, GKI Kranggan mencari lokasi baru untuk mendirikan gedung gereja. Pada tanggal 14 Desember 2013 GKI Kranggan melaksanakan peletakan batu pertama gedung baru di Jalan Sasak Cempling, kelurahan Jatikarya, kecamatan Jatisampurna, Kota Bekasi dan mulai digunakan setelah diresmikan pengoperasiannya oleh Bpk Walikota Bekasi pada tanggal 18 Agustus 2014.
